Non erano passati due anni dalla morte di S. Francesco che già Frate Elia, il successore al comando dell'Ordine, riceveva in dono un appezzamento di terreno, fuori dalla porta occidentale di Assisi, un luogo scosceso del monte Subasio dove si impiccavano i malfattori e perciò chiamato il Colle dell'Inferno.
Su quel luogo già maledetto sarebbe sorta una grandissima chiesa che avrebbe accolto la salma del grande Santo.
Dal Vescovado, dov’era stato ospite del Presule assisiate, San Francesco si era fatto portare, in barella, alla Porziuncola. Morì sulla terra del suo "luogo" preferito. Ma i compagni non tennero neppure un giorno la salma di S. Francesco nei pressi della chiesina. La mattina dei 4 ottobre lo ricondussero in città, passando da S. Damiano, perchè Chiara e le sue compagne ne potessero finalmente baciare le stigmate.
Da S. Damiano fu portato a seppellire nella Chiesetta di S. Giorgio, che si trovava dentro la città e nelle vicinanze della casa paterna. In quella chiesetta il 16 luglio 1228 Gregorio IX proclamò solennemente la santità del gran figlio di Assisi e il giorno dopo, invitato da Frate Elia il Papa si recava sul Colle dell'Inferno per benedire la prima pietra della nuova grande costruzione in onore dei Santo.
Il 25 maggio 1230, cioè meno di quattro anni dalla morte del Santo, la chiesa inferiore era ultimata e poteva esservi portato il corpo del Santo.
Da S. Maria degli Angeli, guardando verso il Subasio, all'estremità occidentale della città si scorge nitidamente la poderosa costruzione di Frate Elia, sorretta sullo strapiombo da giganteschi contrafforti. Par quasi un edificio fortificato e suscita immediatamente l'idea di una roccaforte. E quella eretta da Frate Elia fu la materiale e spirituale roccaforte del Francescanesimo, oltre ad essere una delle più splendide manifestazioni d'arte ispirata dalla gloria del Santo assisiate.